يتولى هذا القسم المهمات العلمية في المؤسسة، ومن أهمها:

1- العمل على تحقيق كتب سماحة الشيخ –رحمه الله-.

2- الإجابة عن الأسئلة التي تصل عبر موقع سماحة الشيخ –رحمه الله-.

3- تزويد الباحثين في الرسائل العلمية بالمعلومات التي يطلبونها لإنجاز رسائلهم المتعلقة بسماحة الشيخ –رحمه الله-.

4- التصحيح اللغوي لكل ما يصدر عن المؤسسة.

5- اقتراح المتون العلمية الخاصة بالدورات العلمية، ومراجعتها.

6- وضع امتحانات الدورة العلمية الصيفية، وتصحيحها، مع العمل في مسابقة علمية تابعة للدورة.

7- تأسيس مكتبة علمية مطبوعة، وإلكترونية على الشبكة، تحوي أكثر من عشرة آلاف كتاب.

وتحقيق كتب سماحة الشيخ – رحمه الله- هو أهم أعمال القسم، ويتلخص عمل الباحثين في كتب الشيخ -رحمه الله- في: إيضاح المشكل، والتصحيح اللغوي، والتحرير والصياغة، وتخريج الأحاديث والآثار وعزو الأقوال وترتيب الأبواب وكتابة المقدمات، وإعداد فهارس للمصادر والمراجع والمحتويات ونحوها، مما يفيد القارئ، وكل هذه الأعمال لا تمس صلب المادة العلمية، وإنما تخدمها لإخراج كتب سماحة الشيخ –رحمه الله- الإخراج اللائق بمنزلة سماحته، وذلك بالتنسيق مع أقسام المؤسسة المختلفة كقسم النشر، وقسم المواقع الإلكترونية، وقسم الصوتيات، في عمل تكاملي يسعى للوصول إلى الكمال، وتتم هذه الأعمال من خلال الباحين العاملين بالمؤسسة، وقد يسند بعضها لمراكز التحقيق، أو لبعض طلاب العلم من تلاميذ الشيخ وغيرهم.

ومن أهم المشروعات التي يعمل القسم عليها: إخراج الكتب الكبيرة التي تعد مشروعات علمية، مثل: شرح زاد المستنقع، وشرح بلوغ المرام، وشرح منار السبيل، وشرح منتقى الأخبار، إضافة للكثير من نتاج سماحة الشيخ –رحمه الله-.